坂茂出名是非常精于木 / 竹 结构的，所以他一开始设计时便已经考虑到木材的接合。他在四周采用了 1m 厚木梁作为结构的外框，然后把大约 200mm 厚的木梁以三个方向纵横交错起来，从而做出弯弯曲曲的形状。每个方向的木梁都是由两层的木板组成，所以在每个交接点是由 6层的木板互相紧扣，因而令整个屋顶都变得稳固，而且只需 4支木柱便足够支撑整个 5000sqm 的空间。

　　虽然每个接合点是有 6层木梁组合而成的，但是由于整齐地排列，所以在外观上整个屋顶还是很简洁明亮。另外，屋顶的物料是 PTFE 的关系，所以在白天时，整座博物馆的外馆有如白色的草帽一样，但当在晚上在室内亮灯后，结构的倒影便出现在白色的屋顶上，尽显了窝峰式木结构的特点。因此，旅客可以在室外、室内，白天、晚上不同时间以不同的感觉来欣赏这结构，这样的设计绝对精妙。

　　至于室内空间则由 3个长方盒纵横交错组成，每个长方盒则是永久性的展览空间，在长方盒之下则是剧场、咖啡厅和临时展览空间。因为永久性的展品需要良好的温度和湿度的控制，所以展览空间全为密封，这便与行人空间和咖啡厅形成很大的对比，从而创造出不同的视觉感受。